Vào thời điểm phát hành trò chơi, tạp chí Famicom Tsūshin (nay là Famitsu) đã cho phiên bản Famicom số điểm 36 trên 40, dựa trên một hội đồng đánh giá gồm bốn người xếp hạng trò chơi 9, 9, 10 và 8 trên thang điểm 10. Kết quả này đã khiến sản phẩm trở thành một trong ba trò chơi được đánh giá cao nhất của tạp chí vào năm 1990, cùng với Dragon Quest IV và F-Zero, cả hai đều đạt số điểm 37 trên 40. Sản phẩm cũng là một trong sáu trò chơi được xếp hạng cao nhất của tạp chí cho đến năm 1990, cùng với Dragon Quest II, Dragon Quest III, và Zelda II: The Adventure of Link.[64]

Tại Lễ trao giải Trò chơi của năm 1990 do Famicom Tsūshin tổ chức, Final Fantasy III được bình chọn làm á quân của giải Grand Prize với số điểm 37,101, xếp sau Dragon Quest IV.[65] Vào năm 2006, độc giả của tạp chí trò chơi Nhật Bản Famitsu bình chọn cho bản gốc Final Fantasy III là một trong tám trò chơi điện tử hay nhất mọi thời đại, xếp trên cả Dragon Quest IV.[66] Tính đến ngày 31 tháng 3 năm 2003, sản phẩm Famicom gốc đã xuất xưởng 1,4 triệu bản tại Nhật Bản.[67]

Phiên bản làm lại DS đạt doanh thu cao. IGN lưu ý rằng "Không có gì đáng ngạc nhiên khi Final Fantasy III được quan tâm...vì sự thịnh hành của máy chơi game DS [vào thời điểm đó]."[68] Trò chơi đã bán được 500,000 bản trong tuần đầu tiên tại Nhật Bản, vượt qua cả dự đoán ban đầu của Square Enix là chỉ bán được 350,000 bản.[69] Theo Enterbrain, bản làm lại đã bán được hơn 935,000 bản ở Nhật Bản vào cuối năm 2006.[70] Tính đến ngày 6 tháng 8 năm 2007, sản phẩm đã bán được hơn 990,000 bản trong nội địa và 460,000 bản tại Bắc Mỹ.[71] Kể từ ngày 8 tháng 8 năm 2008, game đã bán được 480,000 bản ở châu Âu.[72] Doanh số bán ra của sản phẩm theo đó đạt 1.93 triệu bản tính riêng cho phiên bản DS, và 3.3 triệu bản khi tổng gộp với Famicom tính đến ngày 9 tháng 8 năm 2008. Bản port PSP bán được hơn 80,000 bản ở Nhật Bản vào cuối năm 2012.[73]

Đánh giá về phiên bản làm lại DS của Final Fantasy III nhìn chung là tích cực, với tỉ lệ đồng thuận là 77% theo GameRankings.[50] 1UP.com mô tả lối chơi của game theo phong cách của "một trò chơi nhập vai dành cho những người đam mê nó một cách cuồng nhiệt", và lưu ý rằng mặc dù hệ thống nghề nghiệp đã được cải thiện nhiều so với bản gốc nhưng nó vẫn có gì đó "rất hạn chế". Tuy nhiên, người đánh giá vẫn nói rằng điều quan trọng là cần phải ghi nhớ Final Fantasy III "như một phần của lịch sử và là mảnh ghép còn thiếu của một series game bom tấn", đồng thời chỉ ra rằng "người chơi game nhập vai một cách hardcore"[lower-alpha 20] sẽ yêu thích tựa game này hơn bất kỳ sản phẩm nào khác của dòng trò chơi Final Fantasy và gọi nó là "một trong những RPG di động hay nhất từ trước đến nay".[54] GameSpy lập luận rằng sự thích thú của người chơi phụ thuộc "hoàn toàn vào việc người chơi có muốn chơi một trò chơi với cơ chế game rõ ràng là cổ lỗ sĩ cộng thêm vẻ bề ngoài thô sơ và không mấy hấp dẫn [của nó]" so với những tựa game khác cùng thời của Square Enix. Trang web cũng ghi nhận trò chơi "khá thách thức" và nói thêm rằng "một số người có thể quen với game, nhưng một số khác có thể thấy khó chịu vì nó không [dễ chơi] một chút nào".[59]

GameTrailers lưu ý rằng mặc dù cốt truyện của trò chơi đơn giản và nhóm nhân vật không có gì đặc sắc nhưng kịch bản của game vào loại "hàng đầu". Trang web cũng nhìn nhận rằng trong khi phần đông game thủ phải trông chờ vào việc cày cấp (grinding) thì trò chơi cung cấp cho họ "rất nhiều khu vực nhỏ để khám phá".[50] IGN mô tả trò chơi có lẽ là một sản phẩm "cực kỳ thất vọng đối với người hâm mộ dòng Final Fantasy chính hiện thời" và lưu ý rằng ý tưởng hệ thống nghề nghiệp chỉ "đơn thuần là thổi bay tâm trí game thủ" vào thời điểm trò chơi mới ra mắt. So với hệ thống "cấp quyền hành nghề" của trò chơi Final Fantasy XII trong bối cảnh đương đại thì Final Fantasy III "quả thật không thể nào sánh bằng". Đánh giá cũng chỉ ra rằng bản làm lại có gây trở ngại cho trò chơi, với lý do là những trận chiến đáng ra chỉ cần "mất vài giây để lướt qua" giờ đã "kéo dài đến gần một phút". Lời phàn nàn khác nhắm vào chế độ hiển thị của game trên Nintendo DS vì đầu màn hình của thiết bị cầm tay không hoạt động trong "75% trò chơi", và phần bị mất đó mà thay bằng tranh vẽ có khi còn cho kết quả tốt hơn. Tuy nhiên, IGN vẫn ghi nhận sản phẩm có "đồ họa ấn tượng...và phần nhạc nền về cơ bản là tuyệt vời". Trang web cũng tuyên bố rằng việc chuyển đổi đồ họa từ 2D sang 3D là "một quyết định đúng đắn".[61]